נמצא טעות בספר תורה לפני "מפטיר", דהיינו אחרי שקראו את כל הסדרא (לפני אמירת קדיש),  סומכים בדיעבד על הקריאה של אחרון העולים שקריאה זו עולה גם עבור מפטיר, ואת הקדיש יגידו לאחר ברכות ההפטרה האחרונות.
אם  בשבת נמצאה הטעות בספר תורה בשעת קריאת המפטיר יגמור קריאתו ולא יברך אחריה.

אם קראו את כל הפרשה ואחר כך נמצאה הטעות, אין מוציאים ספר תורה אחר כיוון שבדיעבד סומכים על הפוסקים שמכשירים קריאה בספר תורה פסול.(משנ"ב סימן קמג ס"ק ד).

אולם, אם נמצאה הטעות במפטיר בספר שני שהוא חובת היום ( ארבע פרשיות וכו') יש להוציא ספר תורה אחר. (מ"ב קמג, סק כג). ספר שני שנמצא בו טעות, אין ספק שצריך להוציא ספר אחר בכדי לקרוא חובת היום בספר כשר. (שערי אפרים ח,יד)

כאשר התגלתה טעות באמצע קריאת התורה, יש להוציא ספר תורה כשר מן הארון ולהמישך לקרוא עד לסוף הפרשה ואין צורך לחזור על מה שכבר קראו.
לדעת שו"ע לאחר החלפת הספר יש לקרוא לפחות 3 פסוקים על מנת שהעולה יוכל לברך ברכה אחרונה על ספר כשר. לדעת הרמ"א  אם הקורא הגיע למקום שניתן לסים בו את הקריאה (שאינו פחות מ 3  פסוקים לפני או אחרי הפרשה) יברך העולה ברכה אחרונה על מה שקרא בספר הפסול וזאת על מנת לא להחליף ספרים באמצע העליה. אם נמצאה הטעות במקום שלא ניתן להפסיק יחליפו את הספרים וימשיכו בספר הכשר ואז העולה יברך ברכה אחרונה על הכשר.